Ziel des Teilprojektes ist die Aufklärung mechanistischer Details der Induktion des Tetrazyklinrepressors mit Hilfe quantenmechanischer und moleküldynamischer Methoden. Hierzu werden ausgewählte Tetrazyklinvarianten in verschiedenen Protonierungszuständen einer quantenmechanischen Konformationsanalyse unter besonderer Berücksichtigung möglicher Bindungsstellen für Kationen unterzogen. Die dynamische Untersuchung des Repressorproteins in freier und ligandgebundener Form soll auf Aminosäureebene Einblicke in die Mechanismen der Informationsweitergabe von der Bindestelle des Induktors bis hin zum DNS-Bindekopf geben.Publikationen:
Conformational Analysis of Tetracycline using Molecular Mechanical and Semiempirical MO-Calculations, H. Lanig, M. Gottschalk, S. Schneider, and T. Clark J. Mol. Model. 1999, 5, 46.
Manuskripte in Vorbereitung:
H. Lanig, M. Gottschalk, T. Clark
Conformational analysis of magnesium complexes of tetracycline using semiempirical MO-calculations
O. Othersen, H. Lanig, T. Clark
Quantum-mechanical identification of interaction areas of free and water-coordinated Mg2+ ions based on a conformational analysis of tetracycline and anhydrotetracycline.
Zusammenarbeiten innerhalb des SFB mit Manuskripten in Vorbereitung (Arbeitstitel):
P. Schubert, W. Hillen, H. Lanig, T. Clark
Das dynamische Verhalten des Tet-Repressors Klasse D gebunden an Tetrazyklin oder Anhydrotetrazyklin in Abhängigkeit der Anwesenheit eines koordinierenden Metallions
C. Leipold, Th. Marian, S. Schneider, H. Lanig, T. Clark
Moleküldynamische Untersuchungen zur Identifizierung möglicher die spektroskopischen Eigenschaften des an den Tetrazyklinrepressor gebundenen Induktors beeinträchtigenden Mikroumgebungen